محمد شیر خدایی به سال 1305 در محله بازارچه سعادت تهران در یک خانواده متدین چشم به جهان گشود ، پدرش حاج میر جواد کاشانی که مردی مذهبی بود همیشه مدت 6 ماه از سال را در کربلا بود و 6 ماه دیگر را در تهران به سر می برد . یک روز محمد که طفلی بیش نبود در محله شان با بچه های هم سن و سال خود مشغول بازی کردن بود که شخص دوره گرد ژولیده مو و سیه چرده و قوزی با (( نی لبک )) خود ، آهنگی محزون می زد و می رفت ، او بازی را رها کرده و دنبال او می رود و گم می شود و همین امر سبب می شود تا شب کتک مفصلی از پدرش بخورد . ازاین قضیه چندی می گذرد تا پدرش مجددا عازم کربلا می شود و او که عشق نواختن (( نی لبک )) در وجودش خانه کرده بود ، در غیاب پدر موقع رامغتنم شمرده و از مادرش مبلغ سی شاهی می گیرد و یک (( نی لبک )) می خرد و مدت دو ماه پیش خود می زند تا این که پدرش از سفر می آید و وقتی می فهمد که محمد (( نی لبک )) می نوازد ، (( نی ))او را شکسته و سیلی محکمی به گوش او می زند و می گوید : (( می خواهی مطرب شوی ؟ )) ولی محمد جوابی نداشت که به او بدهد و صبر می کند تا او دوباره به سفربرود و همین که پدر به کربلا می رود ، او از عمه اش که وی را بسیار دوست می داشته ، پول گرفته و یک (( نی لبک )) دیگر می خرد و شروع به تمرین می کند ، محمد در این هنگام در کلاس سوم دبستان ثریا واقع در محله سید نصرالدین خیابان خیام درس می خواند که وارد پیش آهنگی شد و در آنجا بود که به او فلوت یاد دادند و اولیاء آنجا متوجه هوش و ذوق او در نواختن این ساز شدند و چون زود به این ساز آشنایی پیدا کرد ، خودش معلم شاگردان شد و یک دست لباس پیش آهنگی به عنوان کادو به او دادند.
در کلاس پنجم ابتدایی بود که مدرسه موزیک اعلام کرد پنجاه نفر شاگرد جهت یک دسته اختصاصی می خواهد او با برادر بزرگش این مطلب را در میان گذاشت و او محمد را تشویق می کند تا در این مدرسه نام نویسی کند ولی شهریور 1320 و وقایع مربوط به آن پیش می آید و مدرسه بهم می خورد تا این که در هنرستان عالی موسیقی ثبت نام می کند و در سلک شاگردان آن هنرستان در می آید ولی یک روز آقای کلنل وزیری سرپرست و روح اله خالقی معاون هنرستان ، اعلام می کنند که هر کس ساز بادی می زند باید تار هم بنوازد و در نتیجه او با این ساز هم آشنایی پیدا کرد.
شیر خدایی در سال 1324 سولیست رادیو شد و صدای سازش از راه رادیو پس از اعلام نام او توسط گوینده به گوش پدرش که در عراق بود می رسد و او پس از مراجعت به تهران به مادر او می گوید : (( آخرش این پسر مطرب شد ! )) و مدت یک سال با او حرف نمی زد ، تا این که عاقبت او را می بخشد.
شیر خدایی با ارکسترهای انجمن موسیقی ملی ، به رهبری روح اله خالقی ، ارکستر بزرگ رادیو ، به رهبری ابراهیم خان منصوری ، استاد مهدی خالدی ، مجید وفادار و … همکاری داشته و درباره به وجود آمدن آرم (( گلهای جاویدان )) روزی مرحوم داود پیرنیا به او می گوید برای ضبط چند گوشه از دستگاههای موسیقی ایرانی با (( قره نی )) به اداره هنرهای زیبا بیاید و او به آن اداره می رود ، استودیوی ضبط آنجا که یک اتاق کوچک بود و هنوز (( اکو )) به ایران نیامده بود درهای (( کاریدور )) ها را بستند و او دربیرون استودیو به اتاق فرمان می رود و ضبط می شود . یک ماه بعد داود پیرنیا آن را آرم برنامه همیشه جاوید (( گلهای جاویدان )) قرار می دهد . او اولین برنامه (( گلهای جاویدان )) را با همکاری : غلامحسین بنان ، حسین یاحقی ، علی تجویدی ، لطف اله مجد ، حسین تهرانی اجرا کرد و بعدا با آقایان : استاد صبا ، محجوبی ، خالدی ، ورزنده همکاری داشته . او مدتها سمت کارشناس هنرهای شبانه روزی استانهای : کرمان ،سیستان و بلوچستان و مازندران را به عهده داشت و همین امر موجب گردیده بود که در فعالیت های او در رادیو وقفه ایجاد شود . محمد شیر خدایی ، آهنگهای بسیاری ساخت که از میان آنها بیشتر به : (( مادر )) ، (( صدای عشق )) و (( چرا نگفتی )) علاقمند است.